Я тут посидел, проанализировал, и вот к чему пришел:
Взято с сайта: "Первый заказ доставили в Санкт-Петербург в мае 1889 года. Заинтересовался ими и российский морской флот, для проведения испытания заказал два образца. Вероятно, новое оружие произвело несколько лучшее впечатление на экспертов морского флота, и в период с 1897 по 1904 гг. русский морской флот заказал и получил пулемет Максима в количестве 291 единиц.
К этому времени пулеметы Максима были приспособлены к калибру русской трехлинейки Мосина: 7,62 мм, а русское ружье Бердана было снято с вооружения армии." (
http://www.yzi-mauzer.ru/puliki/Maksim/)
Таким образом, рассматривать пулеметы на кораблях до 1897 года постройки не правильно. Эти корабли строились по техзаданию утвержденному до принятия решения на вооружение кораблей РИФ пулеметами данной системы.
Сергей Леонидович (SKL) приводит для анализа следующие корабли:
"ЭБР «Цесаревич»" - заложен 1899 – имеет пулеметы, по моим данным 6;
"ЭБР "Ретвизан" (на весь корабль!) было всего лишь 2 пулемёта" - заложен 1899 – имеет пулеметы, по моим данным 4;
"На броненосцах "Ослябя" и "Пересвет" вообще не было ни одного стационарного пулемёта (только 7 шт. станковых для вооружения десанта)." – заложены в 1895 – 1896 годы и не должны иметь стационарных пулеметов по проекту!;
"Крейсер "Паллада" - пулемётов 0 шт.
Крейсер "Диана" - пулемётов 0 шт.
Крейсер "Аврора" - пулемётов 0 шт."
И т.д."
Все "Богини" строились по ТЗ и имели закладку в 1895 году, Аврора в 1987-м году. Пулеметов не имели по проекту! В книге "Крейсер 1-го ранга ''Аврора'' Поленова я обнаружил весьма интересную ссылку, именно, поэтому "Аврора" спущенная на воду в 1900 году пулеметы не получила:

Теперь рассмотрим это самое "и т.д.":
Я составил не большую табличку. Пользовался: " Корабли Российского Императорского флота" под редакцией Тараса, " Список кораблей русского флота 1861-1917" Моисеева издания 1948 года и " Корабли Русско-японской войны. Русский флот" Морская Коллекция 2009-07 (В таблице не рассмотрены канлодки (пулеметов нет), миноносцы (про них выяснили в предыдущих постах), совсем уж старые корабли, оставил только "Рюрик"):

Исходя из всего изложенного выше, из общей картины выпадают 3 корабля. Это ЭБР "Сисой Великий" и Кр 1 р "Баян" и "Громобой".
1. Дедушка "Сисой" был предшественником для ЭБР типа "Полтава". С 1902 он в ремонте "по старости". В 1904-м его включают в состав 2-ой Т-ОЭ и проходит перевооружение. Устанавливают орудия и, видимо, пулеметы. Маленькое отступление: в книге " Эскадренные броненосцы типа Полтава" Сулиги упоминается, что ЭБР "Полтава" передал в сухопутную оборону 2 пулемета. Как и прочие оставшиеся корабли передали противоминную артиллерию в сухопутную оборону. Но это произошло только 6-го августа, после того как было принято решение, что больше корабли прорываться из Порт-Артура не будут.
2. "Баян" – в брошюре "Броненосные крейсера типа "Баян" Морской коллекции 1997-03 в разделе про вооружение упоминается, что на крейсере были и пулеметы. Вопрос требует дальнейшего уточнения. Возможно, что пулеметы были установлены после прибытия крейсера в Россию из Франции в 1903 году.
3. "Громобой" – третий в серии "Рюрик" – "Россия". Все три крейсера не были однотипными. Каждый отличался от предыдущего и вероятнее всего для "Громобоя" (он вошел в состав флота в 1900 году) изменили и состав вооружения в соответствии с "новыми веениями".
Исходя из всего изложенного, осмелюсь предположить, что пулеметы с решения комиссии в 1989 году несли определенную функцию и подлежали установке на корабли РИФ. В определенном количестве, так же как, например, десантные пушки, их положено было 2 штуки - и их устанавливали в этом количестве. И это не связанно с их второстепенной ролью и малоэффективностью, а имеет под собой, какие-то другие, весомые причины. Я их пока не знаю.
Почему же на другие корабли не были установлены пулеметы в период с 1900 по 1904 год? Отвечу, как морской инженер-кораблестроитель. Любое переоборудование или модернизация корабля проводится по определенным решениям и в установленные сроки. Как правило, для переоборудования выбирается время предстоящего ремонта (не межпоходового, а, скажем, "среднего", говоря современным языком). "Сисой" стал в такой ремонт в 1902 и прошел замену артиллерии. Возможно, что и другие "ветераны" в скором времени должны были прийти с Востока в Петербург для ремонта. Или пройти его в сухом доке Владивостока, но… последствия всем известны.
Надеюсь, не утомил, и свои мысли донес.
С уважением, Дмитрий.